無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院污水處理成套設備運行穩定，處理效率高；不受污水量的，機動靈活，可單個使用，也可多個聯合使用，為后期改擴建標準提升，提供方便；厭氧的時間增加，提高了色度的去除率，同時提高了污水的可生化性，利于后續的好氧處理；可根據現場的情況，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
醫院污水處理成套設備工藝的具體思路如下：
①預處理：
首先通過格柵攔截，主要作用是去除污水中較大的懸浮或漂浮物，以減輕后續水處理工藝的處理負荷，并起到保護水泵、管道、儀表等作用。接著由提升泵定量提升至調節池進行水質水量的調節。
②二級處理：
經調節后的污水通過生物接觸氧化法及MBR進行二級處理。
在生化處理系統中利用生物膜的作用使有機污染物首先轉化為氨氮，同時通過好氧硝化和缺氧反硝化過程既去除有機物又去除了氨氮。生化池配以新型的高密型彈性立體填料，該填料具有負荷高、施工簡易、體積小、運行穩定可靠、管理方便、維修更換方便等優點。
污水經生化處理后進入MBR膜池進行固液分離，污泥部分經污泥回流進入缺氧池進行脫氮除磷，上清液經溢流流入中間水池。
③消毒處理
污水進入消毒池，進行消毒處理，經消毒處理后能確保污水經處理后各項指標全部達標。
④污泥處理
沉淀池污泥回流后的剩余污泥經簡單的濃縮消化，然后定期外運。
