醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
社區衛生室污水處理設備的選擇方案原則：在篩選多種治理方案的前提下，合理選定設計方案，減少工程造價，減少建設投資，減少運行費用，主體工藝路線盡量采用自流方式，減少動力消耗，節約能源；本著切合實際，經濟合理，安全適用的原則，采用成熟的工藝，增加工藝含量，完善節能措施。
無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
社區衛生室污水處理設備運行穩定，處理效率高；不受污水量的，機動靈活，可單個使用，也可多個聯合使用，為后期改擴建標準提升，提供方便；厭氧的時間增加，提高了色度的去除率，同時提高了污水的可生化性，利于后續的好氧處理；可根據現場的情況，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
